Основан по благословению свт. Макария (Невского), по инициативе и на средства совладелицы Иткульского винокуренного завода Е. И. Судовской первоначально как жен. община. Находился на арендованном Судовской у Алтайского окр. участке земли (15 дес.) на р. Барнаулке. К 1892 г. в общине проживало 13 сестер, к-рые вели иноческий образ жизни. В кон. 1893 г. по ходатайству Судовской в Барнаул перевели 5 сестер Троицкого мон-ря Пензенской епархии, положивших начало Б. К. м. Офиц. открытие общины состоялось в мае 1894 г., управляющей была назначена мон. Парфения (Мещеринова), к дек. 1894 г. насчитывалось ок. 100 сестер.
В авг. 1900 г. община была обращена в общежительный мон-рь, мон. Парфения возведена в сан игумении. К нач. XX в. были построены келейные корпуса, хоз. здания, открыта школа для девочек, 1 марта 1895 г. освящена во имя свт. Иннокентия Иркутского домовая церковь, 8 июля 1899 г. заложен, 1 окт. 1904 г. освящен собор в честь Казанской иконы Божией Матери, 20 мая 1907 г. освящен в честь Владимирской иконы Божией Матери молитвенный дом. К 1910 г. Б. К. м. стал одной из крупнейших обителей Сибири. В обители подвизались 71 монахиня, 81 послушница, служили 3 священника. При Б. К. м. существовала церковноприходская школа (на 25 чел.), в к-рой преподавали насельницы, иконописная, живописная, матрицная, златошвейная мастерские. Обитель владела 22 дес. усадебной земли, 101 дес. лесного участка.
После 1917 г. в Б. К. м. перешли насельницы разоренных мон-рей Алтайского края, число сестер возросло до 300 чел. В 1920 г. Б. К. м. был преобразован в сельскохозяйственную Богородицкую трудовую общину, в 1921 г. закрыт, имущество передано в ведение губернского отдела народного образования. К осени 1921 г. 25 сестер, входивших в общину, были выселены из монастырских зданий, к-рые стали называться «городком просвещения». В монастырских корпусах разместились курсы красных учителей, затем сельскохозяйственный техникум, 3 детских дома, в 1925-1926 гг. на территории мон-ря находилась тюрьма. Последняя настоятельница Б. К. м. игум. Мариамна (Фролова) в нач. 1921 г. была арестована как «одна из активисток в подготовке кулацкого восстания в с. Сорокино» и приговорена к расстрелу, замененному 10 годами заключения; в 1924 г. игум. Мариамна была освобождена. В 1925 г. за «сокрытие церковных ценностей» снова арестована, вскоре освобождена. В 1938 г. игумения была арестована в 3-й раз, признана виновной «в участии в контрреволюционной церковно-монархической повстанческой организации» и 11 марта расстреляна, мн. сестры также были репрессированы. Насельницы восстановленного в 1994 г. барнаульского в честь иконы Божией Матери «Знамение» мон-ря поминают ок. 200 имен почивших инокинь Б. К. м. и считают свою обитель духовной преемницей Казанского мон-ря.
К 2002 г. сохранившиеся здания Б. К. м. объединены в комплекс «Женский монастырь Богородицы Казанской», к-рому постановлением Алтайского краевого законодательного собрания от 30 июня 1997 г. присвоен статус памятника архитектуры краевого значения. В зданиях мон-ря размещается следственный изолятор.